HUS tog en ny metod i bruk i identifieringen av virusvarianter

De PCR-metoder som används för att påvisa coronavirus känner igen de nya virusvarianterna, men de kan inte skilja virusvarianterna från det ursprungliga vildtypviruset. Vildtypviruset och varianterna visar sig alltså alla som ett positivt provsvar i undersökningar med PCR-metoden.

Det behövs mer forskning om screening av varianterna. Det är viktigt att identifiera virusvarianterna eftersom de kan smitta och spridas snabbare än tidigare. HUSLAB använder sig av två metoder för identifiering av virusvarianter.

Det som är gemensamt för virusvarianterna i Storbritannien, Sydafrika och Brasilien är mutationen N501Y i den kodande genen för virusets ytproteiner (S-protein).

HUS har sedan  början av året undersökt en stor del av de positiva corona-PCR-proven för att se om S-genen uteblivit (var negativ) i de tre undersökta målgenerna. Upptäckten ges resultatet ”SGTF” (S gene target failure) och upptäckten kan indikera att en kliniskt relevant virusvariant är möjlig. I majoriteten av SGTF-proven har mutationen N501Y konstaterats. Förekomsten av SGTF tyder alltså starkt på att det finns en variant i viruset som orsakat smittan.

Från och med 4.2.2021 utvidgades undersökningen av virusvarianter på HUSLAB till att omfatta alla prover som konstaterats positiva.

Största delen (75 %) av de positiva proven testas ytterligare för SGTF och resultatet meddelas inom cirka ett dygn efter att PCR-testsvaret erhållits. SGTF-proverna skickas för sekvensering. Sekvenseringsresultatet blir klart inom cirka 2-3 veckor varefter man får den slutliga bekräftelsen på varianten.

Resten (25 %) av de PCR-positiva proverna skickas till mutationsscreening-PCR-undersökning. Undersökningen fastställer om virusstammen i ett positivt prov har mutationen N501Y. Resultatet fås inom cirka två dygn efter att man erhållit ett positivt testsvar. “I det här skedet vet vi alltså att provet innehåller mutationen i fråga, men vi vet ännu inte vilken virusvariant det är fråga om. Alla prover som konstaterats ha N501Y-mutationen skickas ännu för sekvensering för att klargöra virusvarianten”, berättar överläkare Maija Lappalainen vid HUS Diagnostikcentrum.

Det är mycket viktigt att identifiera de personer som smittats av virusvarianten och att snabbt avbryta smittkedjan. “Med de här metoderna får vi information om mutationsmisstanken inom ett par dagar från ett positivt testsvar och genom att undersöka alla positiva prover får vi uttömmande information om variantens förekomst i HUS-området. Detta påverkar arbetet för de personer som sköter smittspårning, samt isolerings- och karantänpraxis”, säger Lasse Lehtonen, direktör för diagnostik.